基金主要分为合伙型、公司型和契约型三种，基金层面的投资人有自然人投资人和法人投资人，不同的类型涉及的税务架构也不同。
境内投资的税务架构
基金是在被投资企业挂牌或IPO之前的投资，还是在挂牌或IPO之后的投资？挂牌或IPO之后的投资，类似于二级市场，即所谓的金融商品转让，这就涉及到增值税的问题。
有限合伙基金税制相对于公司型基金较为复杂。一般在有限合伙基金退出后，将会面临两方面问题：
一是，涉及到自然人LP的个税，个人作为基金有限合伙人，有限合伙企业投资Pre-新三板、Pre-IPO项目，挂牌后或上市后退出，是按照20%的税率还是按照5%到35%的税率去缴纳个人所得税？
其实在个人所得税中已明确规定，关于股息红利所得，税率为20%，那么股权转让所得是否也可以按照20%税率申报纳税呢？目前在很多地区，特别是一些基金小镇的招商过程中，甚至金融办的文件中，已经明确规定股权转让所得视同股息红利所得，征收20%个人所得税。但是如果严格按照税法，这是违法的，但是自然人LP享受到了税收优惠。因此，自然人作为基金有限合伙人，股息红利所得按照20%征个人所得税，其次，股权转让所得部分，应按照5%到35%的税率征收个人所得税。
二是，如果LP是一个公司，则要被征收企业所得税。如果有限合伙基金对外投资了另一个企业，当这个企业分红给有限合伙基金，有限合伙又把这个分红分给法人LP，那么这个环节的企业所得税该如何处理？
国内在企业所得税当中明确规定，居民企业间的股息红利所得是免税的。
但当法人合伙人投资于有限合伙企业，由于经过了这个有限合伙企业这么一道，那么法人合伙人就不是直接从居民企业得到的股息红利，而是从有限合伙企业得到的。因此这部分也需要按照25%税率去缴纳企业所得税。
新三板挂牌或IPO企业前后投资涉税相关问题
关于挂牌新三板企业或IPO之前投资中的涉税问题，主要可以分为三个阶段：一是投资阶段，二是收益阶段，三是退出阶段。
其中在投资阶段的未上市企业，在投资后挂牌新三板或IPO上市，私募股权基金在退出时，除了涉及到原来的企业所得税，还有一个增值税，其中增值税的基础原值是IPO发行价，但不少私募基金管理人以最初的入股价为基准，导致增值税额的提高。
关于合理避税的举措：寻找税收政策洼地
进行税务筹划：寻找税收的政策洼地，这样可以为企业带来税收上的直接优惠。
无论是企业所得税、个人所得税还是增值税，税收洼地往往通过地方返还的方式，能够合理有效的降低税费，通过合理利用税收政策洼地，会带来很可观的效益。
关于合伙基金自然人合伙人按单一投资基金核算（20%税率）和按创投企业年度所得整体核算（5%-35%税率）的最佳策略选择
2018年12月12日国务院常务会议决定实施所得税优惠政策促进创业投资基金支持力度。从2019年1月1日起，对依法备案的创投企业，可选择按单一投资基金核算，其个人合伙人从该基金取得的股权转让和股息红利所得，按20%税率缴纳个人所得税；或选择按创投企业年度所得整体核算，其个人合伙人从企业所得，按5%-35%超额累进税率计算个人所得税。上述政策实施期限暂定5年。
该政策给合伙型基金的自然人投资人提供了一种选择，以实现其自身少交税的目的。基于以上政策，通过建立分析模型，进而实现在初步确定基金相关参数后，自然人投资人能够做出选择，使得个人税费达到最低。
单一投资基金核算和创投企业年度所得整体核算的区别
单一投资基金核算:
如果按单一基金进行核算，内部各投资项目之间的盈亏可以互相抵减，单个投资项目的股权转让所得，按照年度股权转让收入扣除对应股权原值和转让环节合理费用后的余额计算得出单一投资基金的股权转让所得，按照一个纳税年度内不同投资项目的所得和损失相互抵减后的余额来计算，当余额大于或等于零时，即可以确认为该基金的年度股权转让所得；当余额小于零时，该基金年度股权转让所得按零计算，亏损不能跨年结转。
单个投资项目股权转让所得=年度股权转让收入-股权原值-转让环节合理费用
单一投资基金股权转让所得=同一纳税年度各投资项目股权转让所得合并
创投企业年度所得整体核算:
创投企业选择按年度所得整体核算，其个人合伙人应从创投企业取得的所得，按照“经营所得”项目、5%-35%的超额累进税率计算缴纳个人所得税。创投企业年度所得整体核算，指将创投企业以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后，计算应分配给个人合伙人的所得。在该核算方式下，创投企业可以扣除除股权原值及相关税费以外的管理费等其他费用，主要包括基金托管费、审计费基金年度合伙人会议费用等。
单一投资基金核算和创投企业年度整体核算的模型假设
假设一:合伙型创投基金规模1亿元，其中基金管理人持有1%份额，自然人A持有50%份额，自然人B持有49%份额。基金的年度管理费为2%且假设其保持不变，每年基金运作涉及的托管费、审计费年度合伙人会议相关费用等合计1%(即基金运作中所有日常费用为100万/年)。
假设二:合伙型创投基金可投资金额为8000万元，且已经投资甲、乙、丙三个项目，投资金额分别为1000万、2000万、5000万。2021年，三个项目拟全部退出，退出金额预计分别为2000万、500万、8000万(假设退出过程中的相关印花税等忽略不计)。
基于上述假设，自然人投资人A和B可以选择按单一投资基金核算，或按创投企业年度整体核算，在两种不同的核算方式下，自然人纳税情况分别如下:
(1)按照单一投资基金核算
甲项目股权转让所得=2000-1000=1000万元
乙项目股权转让所得=500-2000=-1500万元(该项目亏损1500万元)
丙项目股权转让所得=8000-5000=3000万元
单一投资基金股权转让所得=1000+(-1500)+3000=2500万元
按照20%税率，自然人投资人A和B的纳税额度如下:
自然人A应纳税额=(2500*50%)*20%=250万元
自然人B应纳税额=(2500*49%)*20%=245万元
在按单一投资基金核算的情况下，自然人A的税费为250万元，自然人B的税费为245万元
（2）按照创投企业年度整体核算
基金年度整体所得=1000+(-1500)+3000-10000*2%-10000*1%=2200万元
自然人A应纳税所得额=2200*50%=1100万元
自然人B应纳税所得额=2200*49%=1078万元
按照生产经营所得“5%-35%”税率计算，自然人纳税情况如下:
自然人A应纳税额=110035%-6.55=378.45万元
自然人B应纳税额=1078*35%-655=370.75万元
（3）两种核算方式下税费的对比
基于上述模型，在单一投资基金核算方式下，自然人投资人A的税费为250万，自然人投资人B的税费为245万元;在创投企业年度整体核算方式下，自然人投资人A的税费为378.45万元，自然人投资人B的税费为370.75万元。
可以得出，按创投企业年度所得整体核算方式，自然人投资人的税费显著高于单一投资基金核算方式下的税费。
基本结论
从上述模型分析，基金股权转让整体所得是计算税费的核心因素，同时基金管理费和相关运行费用也会影响相关税费。基于以上影响因素，自然人的税费计算公式如下:
单一投资基金核算的自然人投资人税费=基金股权转计整体所得*自然人份额比例*20%;
创投企业年度整体核算的自然人投资人税费=(基金股权转让整体所得-年基金管理费年度基金运行费用)*自然人份额比例*35%-6.55;
如果按单一投资基金核算的自然人投资人税费大于创投企业年度所得整体核算的自然人投资人税费，则:
(基金年管理费+年度运行费用)*自然人份额*35%+6.55>基金股权转让所得*自然人份额*15%
结论:在基金年度股权转让所得小于[(基金年管理费+年度运行费用)*35%+6.55]/15%的情况下，自然人投资人选择创投企业年度整体核算可以减少税。
假设基金年度管理费和年度运行费用忽略不计，则上述公式可变为:基金股权转让所得<6.55/15%=43.66万元
从上述可以得出，在忽略基金年度管理费和年度运行费的情况下，当自然人投资人年度按份额比例对应的基金股权转让所得小于43.66万元，则应选择按创投企业年度整体核算可以减少税负，否则应选择按单一投资基金核算。
但从实际情况看，由于大多数基金年度股权转让所得对应的自然人份额比例大于43.66万元，因此自然人合伙人在多数情况下选择按单一投资基金核算更能减少税费。
