私募基金的组织形式主要包括公司型、有限合伙型、契约型等。目前，关于私募基金的税收政策相对滞后，主要存在的问题如下:1、关于GP自然人的税收缴纳问题，各地的税收处理是存在分歧的，例如上海、深圳是参照个体工商户按5%-35%的五级超额累计税率进行征收，而北京、武汉则是按“利息、股息、红利”所得，20%的税率进行征收，北京、武汉等地区对于自然人不做GP和 LP的区分。2、对企业通过基金投资所获得的投资收益，能否适用居民企业之间投资收益的免税政策。(《企业所得税法》第二十六条规定:符合条件的居民企业之间的股息红利等权益性投资收益为免税收入)，在实务中仍存在争议，争议点主要有两个方面：一方面是，中间隔了一个有限合伙企业，不能视为直接投资;另一方面主要是对投资收益的界定，对于投资收益，主要明确是否属于扣除投资本金和其他费用后的收益，而非本金的回收等。从税收政策而言，无论适用哪种税收规定，基金管理人及其合伙人都会面临比较高的税负。作为基金管理人，需要通盘考虑管理人本身以及基金要承担的税负，为项目退出后的分红选择最优的税收结构，从而降低税负。
管理人主要的业务收入包括投资分红、管理费等，管理费一般按照募集金额的2%来收取，还有一部分是超额分成收入，通常按照超额的20%进行提取。此外，可能还有一些咨询类收入。按《基金合同》约定，就来源于私募股权投资基金的管理费收入应缴纳企业所得税。根据《基金法》规定，基金管理人由依法设立的公司或者合伙企业担任。担任非公开募集基金的基金管理人，应当按照规定向基金行业协会履行登记手续，报送基本情况。私募基金管理人可能是公司也可能是合伙企业。其经营行为主要分为以下两大类:日常管理、对外投资。对外投资又可以按投资性质分为:募集资金放贷和用募集资金做其他投资。根据财税[2016]36号文，所谓直接收费金融服务，是指为金融业务提供相关服务、并且收取费用的业务活动。其中包括提供资产管理、信托管理、基金管理等服务。直接收费金融服务，以提供直接收费金融服务收取的手续费、佣金、酬金、管理费、服务费、经手费、开户费、过户费、结算费、转托管费等各类费用为销售额。对于私募基金管理人而言，其收取的管理费即为销售额。根据财税[2016]36号文，增值税纳税及扣缴义务发生时间为:直接收费金融服务为实际收到费用的当天;或书面合同确定的付款日。如果开具发票的日期比前两者早，则以开票日作为扣缴义务的发生时间。对收益分成，按照增值部分的20%提取作为直接收费服务(提供劳务所取得的服务取得收入)的增值税处理还是投资收益处理也存在争议。若为投资收益，则无需缴纳增值税，只缴纳所得税。若为直接收费服务性质的收益，既要涉及缴纳增值税又涉及所得税。
合伙制:合伙企业，按财税[2008]159号“先分后税”的原则，把合伙企业所得每年进行汇算清缴，把利润实际分配，或者没有实际分配的部分划到各合伙人，由合伙人直接交税。因国家税务总局未明确规定，而全国各个地方的规定也不统一，目前基本上有两种缴税方式，一是按照20%，股息红利或者投资收益交个人所得税；二是按照生产经营所得，即按照个体工商户生产经营所得适用5%-35%超额累进税率来缴纳个人所得税。公司制:管理人主要的业务收入可能包括投资分红管理费，管理费按照一般惯例按照募集金额的2%来收取，还有一部分是超额分成收入，通常按照超额的20%进行提取。此外，可能还有一些咨询收入。公司制的管理人是公司，则按25%缴纳企业所得税。
